MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN2

Total Repeats: 409

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017480	ACC	2	6	79	84	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017480	GTT	2	6	117	122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017480	CCA	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017480	AGT	2	6	237	242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017480	TTG	2	6	319	324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017480	CAT	2	6	414	419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017480	AGCT	2	8	461	468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017480	TTG	2	6	490	495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017480	TTGC	2	8	528	535	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017480	TGC	2	6	743	748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017480	CTG	2	6	750	755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017480	TAG	2	6	769	774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017480	ATC	2	6	816	821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
14	NC_017480	TTG	2	6	854	859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
15	NC_017480	TAA	2	6	863	868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
16	NC_017480	AAT	2	6	903	908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
17	NC_017480	ATC	2	6	923	928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
18	NC_017480	CGTT	2	8	945	952	0 %	50 %	25 %	25 %	385839805
19	NC_017480	CGT	2	6	1008	1013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839805
20	NC_017480	TCG	2	6	1060	1065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839805
21	NC_017480	ACT	2	6	1074	1079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
22	NC_017480	T	7	7	1100	1106	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
23	NC_017480	TTG	2	6	1118	1123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
24	NC_017480	AAT	2	6	1134	1139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
25	NC_017480	TTAA	2	8	1170	1177	50 %	50 %	0 %	0 %	385839805
26	NC_017480	ATC	2	6	1214	1219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
27	NC_017480	T	6	6	1276	1281	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
28	NC_017480	ATTA	2	8	1325	1332	50 %	50 %	0 %	0 %	385839805
29	NC_017480	TTG	2	6	1385	1390	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
30	NC_017480	CTTT	2	8	1400	1407	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
31	NC_017480	ATCCG	2	10	1485	1494	20 %	20 %	20 %	40 %	385839805
32	NC_017480	T	7	7	1500	1506	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
33	NC_017480	T	6	6	1539	1544	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
34	NC_017480	T	6	6	1558	1563	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
35	NC_017480	CAAC	2	8	1579	1586	50 %	0 %	0 %	50 %	385839805
36	NC_017480	TTGC	2	8	1628	1635	0 %	50 %	25 %	25 %	385839805
37	NC_017480	TGCG	2	8	1721	1728	0 %	25 %	50 %	25 %	385839805
38	NC_017480	TTCT	2	8	1799	1806	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
39	NC_017480	TTC	2	6	1808	1813	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839805
40	NC_017480	GATT	2	8	1853	1860	25 %	50 %	25 %	0 %	385839805
41	NC_017480	TCTT	2	8	1865	1872	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
42	NC_017480	TAAA	2	8	1931	1938	75 %	25 %	0 %	0 %	385839805
43	NC_017480	CTT	2	6	1971	1976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839805
44	NC_017480	ATC	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
45	NC_017480	GGC	2	6	2007	2012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385839805
46	NC_017480	CCT	2	6	2087	2092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385839805
47	NC_017480	TGT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
48	NC_017480	ATTC	2	8	2175	2182	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017480	TCGCT	2	10	2205	2214	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017480	CTG	2	6	2219	2224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017480	ATTA	2	8	2315	2322	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017480	TA	4	8	2321	2328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017480	AGG	2	6	2337	2342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017480	AAG	2	6	2375	2380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017480	A	6	6	2417	2422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017480	ATT	2	6	2452	2457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017480	A	6	6	2516	2521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017480	GTG	2	6	2567	2572	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017480	AGCA	2	8	2610	2617	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017480	GAA	2	6	2777	2782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017480	A	6	6	2833	2838	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017480	TCAT	2	8	2882	2889	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017480	T	6	6	2965	2970	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017480	TTC	2	6	2993	2998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017480	T	6	6	3007	3012	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017480	CAC	2	6	3189	3194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385839806
67	NC_017480	TTG	2	6	3256	3261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
68	NC_017480	TGTT	2	8	3325	3332	0 %	75 %	25 %	0 %	385839806
69	NC_017480	TGT	2	6	3350	3355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
70	NC_017480	GTG	2	6	3366	3371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839806
71	NC_017480	A	6	6	3376	3381	100 %	0 %	0 %	0 %	385839806
72	NC_017480	TTC	2	6	3382	3387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839806
73	NC_017480	CCTTGT	2	12	3407	3418	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385839806
74	NC_017480	GCC	2	6	3449	3454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839806
75	NC_017480	ACT	2	6	3455	3460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839806
76	NC_017480	CT	3	6	3525	3530	0 %	50 %	0 %	50 %	385839806
77	NC_017480	GTTTGT	2	12	3596	3607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
78	NC_017480	GTTT	2	8	3681	3688	0 %	75 %	25 %	0 %	385839806
79	NC_017480	CCTT	2	8	3746	3753	0 %	50 %	0 %	50 %	385839806
80	NC_017480	ATA	2	6	3808	3813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017480	TCT	2	6	3814	3819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017480	CCG	2	6	3887	3892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017480	TGC	2	6	3895	3900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017480	CTT	2	6	3957	3962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017480	TTGGT	2	10	3965	3974	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017480	CTG	2	6	4185	4190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839807
87	NC_017480	CCA	2	6	4197	4202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385839807
88	NC_017480	TCA	2	6	4307	4312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839807
89	NC_017480	GGT	2	6	4361	4366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839807
90	NC_017480	TAA	2	6	4387	4392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839807
91	NC_017480	CGC	2	6	4400	4405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839807
92	NC_017480	TTG	2	6	4408	4413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
93	NC_017480	TCA	2	6	4484	4489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839807
94	NC_017480	TGT	2	6	4529	4534	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
95	NC_017480	TTA	2	6	4613	4618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839807
96	NC_017480	TA	3	6	4623	4628	50 %	50 %	0 %	0 %	385839807
97	NC_017480	T	6	6	4640	4645	0 %	100 %	0 %	0 %	385839807
98	NC_017480	T	6	6	4760	4765	0 %	100 %	0 %	0 %	385839807
99	NC_017480	GTTC	2	8	4872	4879	0 %	50 %	25 %	25 %	385839807
100	NC_017480	TTCT	2	8	4939	4946	0 %	75 %	0 %	25 %	385839807
101	NC_017480	CTT	2	6	5025	5030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839807
102	NC_017480	TTG	2	6	5119	5124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
103	NC_017480	AG	3	6	5254	5259	50 %	0 %	50 %	0 %	385839807
104	NC_017480	TGG	2	6	5334	5339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017480	T	6	6	5393	5398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017480	AAC	2	6	5406	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017480	T	6	6	5451	5456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017480	T	6	6	5621	5626	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017480	GTT	2	6	5649	5654	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017480	AAT	2	6	5656	5661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017480	ATTA	2	8	5734	5741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017480	AAAT	2	8	5745	5752	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017480	ATT	2	6	5763	5768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017480	AGC	2	6	5847	5852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017480	CTT	2	6	5915	5920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017480	A	6	6	5938	5943	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017480	TCTT	2	8	5956	5963	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017480	TTC	2	6	6000	6005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017480	T	8	8	6009	6016	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017480	TTA	2	6	6058	6063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017480	TTG	2	6	6069	6074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017480	GTTTT	2	10	6108	6117	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017480	TTA	2	6	6175	6180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839808
124	NC_017480	GCT	2	6	6205	6210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839808
125	NC_017480	TCA	2	6	6217	6222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839808
126	NC_017480	CAA	2	6	6281	6286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385839808
127	NC_017480	A	6	6	6285	6290	100 %	0 %	0 %	0 %	385839808
128	NC_017480	GT	3	6	6466	6471	0 %	50 %	50 %	0 %	385839808
129	NC_017480	TAGTC	2	10	6485	6494	20 %	40 %	20 %	20 %	385839808
130	NC_017480	TAAT	2	8	6496	6503	50 %	50 %	0 %	0 %	385839808
131	NC_017480	GTT	2	6	6510	6515	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
132	NC_017480	CAT	2	6	6533	6538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839808
133	NC_017480	T	6	6	6552	6557	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
134	NC_017480	TTC	2	6	6649	6654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839808
135	NC_017480	T	6	6	6690	6695	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
136	NC_017480	GTT	2	6	6704	6709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
137	NC_017480	TAG	2	6	6736	6741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839808
138	NC_017480	T	7	7	6744	6750	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
139	NC_017480	GTT	2	6	6791	6796	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
140	NC_017480	TAA	2	6	6828	6833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
141	NC_017480	TAA	2	6	6876	6881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
142	NC_017480	AAAT	2	8	6884	6891	75 %	25 %	0 %	0 %	385839808
143	NC_017480	AAT	2	6	6905	6910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
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279	NC_017480	ATT	2	6	13278	13283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_017480	TTTTA	2	10	13541	13550	20 %	80 %	0 %	0 %	385839815
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408	NC_017480	TCT	2	6	20249	20254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
409	NC_017480	CGTAAG	2	12	20291	20302	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.